Com a reestruturação ocorrida em 1987 para o ano seguinte e a continuidade de 6 Regiões Esportivas, R.E. (permanecendo até 1998, onde foram criadas mais duas, vigentes até os dias atuais).

  A partir dos Jogos Regionais de 1990 a cidade de Araçatuba (sede da 1ª Região Administrativa), juntamente com as cidades de suas Inspetorias Regionais (IREL) foram incorporadas com as cidades da 13º Região Administrativa com a sede em São José do Rio Preto.

Essas mudanças foram primordiais para consolidar e tornar evidente a supremacia destes dois grandes centros Regionais nas conquistas dos Jogos.

  Durante grande parte dos eventos foram questionados os "importados" (atletas e equipes de outras cidades ou estados participando dos jogos, sem identificação com a cidade participante). Esses representantes além de fortalecer os participantes, deixavam quase imbatíveis e as conquistas eram inevitáveis.

Muito foi questionado sobre essa questão até que foram impostas restrições nas inscrições de atletas, exterminando a participação dos "importados".

Neste período 1990 a 2024, ocorreram 33 competições dos Jogos Regionais, na 6ª Região Esportiva a supremacia das conquistas consolidaram São José do Rio Preto com 16 títulos e Araçatuba com 07 conquistas. 

 Essa “bipolarização” de conquistas além de privilegiar esses centros, deixaram os demais participantes em situação constrangedora, tornando inevitável competir com igualdade.

 Em grande parte desses 33 eventos disputados, a hegemonia de São José do Rio Preto e Araçatuba, em raríssimas oportunidades foram ameaçadas inclusive o 2º lugar nos Jogos (vice campeonato), exceto em alguns casos que a cidade sede obteve sucesso.  

 No ano de 2000, Penápolis foi sede e vice-campeã; 2003 Birigui também e nos anos de 2009 e 2018 Votuporanga vice-campeã e sede dos regionais. Nestes anos, Araçatuba foi campeã em 2000 e São José do Rio Preto 2003, 2009 e 2018.

Na edição de 2025 em Votuporanga, será que poderemos ter um campeão inédito? É esperar para ver.